治疗的选择 食管囊肿的治疗取决于病变的大小、结构和病变对食管以及邻近结构的损害程度。婴幼儿的巨大食管囊肿引起严重的呼吸窘迫症状者，只要诊断明确，就应该及时进行手术治疗或抽吸减压。在早年，有作者对巨大食管囊肿采用袋形缝合减压术而获得成功。
食管囊肿一般与食管无严重粘连，手术时容易摘除，需要施行食管切除术的病例极为罕见。发生于成人的小而无症状的食管囊肿，不需要外科手术治疗，可以进行随诊观察。
婴幼儿食管囊肿如若与周围结构粘连严重，或与食管、气管、支气管及主动脉之间的关系密切，试图完整切除病变有很大风险，在技术上也有困难，一旦术中损伤周围重要器官，便会造成严重后果。此外，这类食管囊肿常有丰富的血液供给，术中容易出血，失血量大。据Waterston的经验，对这种病例在手术时可在囊肿的表面做一大小适中的切口，从切口内只剥除其内的黏膜层而保留囊壁，同样可以达到治疗目的，而且手术比较安全。Waterston发现囊内的上皮无论是鳞状上皮、呼吸道的假复层柱状纤毛上皮、胃黏膜或肠黏膜，手术时都容易剥脱去除.1975年，Haller等报道食管囊肿导致病儿产生严重的呼吸窘迫的情况下，也可以手术剥脱去除囊内的部分上皮而缓解临床症状。
1985年，Kuhlman等报道对1例有吞咽困难症状的74岁老年病人经内镜穿刺病变，吸出囊液之后，吞咽困难症状完全缓解，食管CT扫描亦显示病变缩小。Kuhlman等报道的这种治疗方法，对高龄食管囊肿病例或许有推广使用价值。
食管囊肿切黏膜除术 大多数食管囊肿切除术为食管囊肿黏膜切除术，即切除囊肿的黏膜组织后便能达到治疗目的。因食管囊肿而施行食管切除术的病例极为罕见。
手术步骤:
游离囊肿：进胸后先剪开食管囊肿处的纵隔胸膜，游离出囊肿所在部位的一段食管并纵行剪开其表面的食管肌层，显露囊肿(图2)。
切除囊肿：用锐性加钝性分离法进行解剖、分离，完整分离出囊肿的黏膜层，之后在其颈部用一把弯血管钳夹住，紧靠血管钳切除之(图3)。
缝合食管用小圆针细丝线或4-0可吸收缝线间断缝合囊肿颈部的近侧切缘和食管肌层切口(图4)。
间断缝合纵隔胸膜切口以覆盖食管的手术创面。
常规方法关胸。
电视胸腔镜手术 如系肠源性囊肿，为预防其术后复发，须彻底切除。若囊肿与食管之间仅为一层管壁(共壁)，则需要切开囊肿，剥除或切除其黏膜组织和大部分囊壁；缝合食管黏膜切口，然后用残留的囊壁(食管肌层)间断缝合、包埋食管黏膜下层的裸露区(图5)。
