治疗角膜溃疡的基本原则是采取一切有效措施迅速控制感染，争取早日治愈，将角膜炎的后遗症减少到最低程度。由于大多数溃疡性角膜炎为外因所致，因此，除去致病外因，消灭致病微生物极为重要。为了有助于病因诊断，应从角膜溃疡的进行缘取材做涂片，作细菌培养和药物敏感试验（必要时做霉菌培养）。但不要为等待试验结果而贻误治疗，应立即采取必要的措施。
热敷：使眼部血管扩张，解除壅滞，同时促进血流，增强抵抗力和营养，使溃疡得到迅速的恢复。
冲洗：如果分泌物较多，可用生理盐水或3%硼酸溶液，每日冲洗结膜囊3次或更多次数，以便将分泌物、坏死组织、细菌和细菌产生的毒素冲洗出去。这样，不但减少感染扩大的因素，同时也可保证局部上药的浓度不至减低。
散瞳：阿托品为常用的药物，浓度为0.25～2%溶液或软膏，每日滴、涂1～2次（滴药后注意压住泪囊，以免溶液被黏膜过分吸收，引起中毒）。对单纯性角膜溃疡或刺激症状不显著者可以不用，对刺激症状显著和势将穿孔的溃疡必须使用。这种药对于治疗角膜溃疡有双重作用；后果。再者，由于眼内肌痉挛解除，因而也有减轻和止痛作用。
制菌剂：
1. 磺胺类化学制剂如10～30%磺胺醋酰钠和4%磺胺异恶唑眼药水。
2. 对于革兰氏阳性球菌的感染，每日局部滴用4至6次，0.1%利福平眼药水或0.5%红霉素或0.5%杆菌肽眼药水即可控制。有些广谱抗菌素如0.5%金霉素、0.25%氯霉素和0.5%四环素，其抗菌作用更为有效。
3. 对于革兰氏阴性杆菌的感染，可选用1～5%链霉素、0.3～0.5%庆大霉素、多黏菌素B（2万单位/毫升）、0.25～0.5%新霉素、0.5%卡那霉素等。
4. 对于细菌培养及药物敏感试验结果尚未知晓而病情较为严重的溃疡，开始时可同时试用多种广谱抗菌素，轮流交替地每数分钟或1刻钟滴1次，继则酌情递减。此外亦可采用结膜下注射的给药途径，每日1次，并连续注射数日，直到溃疡症状消退为止。有些药物结膜下注射后，有时发生结膜坏死，应予以注意。
5. 抗病毒的药有0.1%疱疹净等。抗霉菌制剂则有制霉菌素（25，000单位/毫升），0.1%二性霉素乙、0.5%曲古霉素和0.5%匹马霉素等。
包扎和敷裹：
1. 为了使眼球停止转动，促使溃疡早日痊愈，必须进行包裹。这一处理特别适应于冬季。因其不但使眼球不致受凉，而且又发生热敷与保护作用。
2. 如果结膜囊内有分泌物者，不应包扎，可以布勒氏（Buller氏）眼罩或黑眼镜代替之。再者，如果溃疡势将穿破，或在结瘢期势将隆起，应于每日施以压迫绷带包扎，如果日间不可能，应在晚间睡眠时用之，以其挽救不良后果。
病因治疗：
1. 治疗角膜溃疡的同时，必须注意溃疡发生的原因，而予以治疗。
2. 最应注意者就是结膜病和营养不良。例如沙眼血管翳溃疡，如果不同时治疗沙眼，溃疡难得痊愈。又例如角膜软化，如果不注意全身营养，补充维生素A，不但角膜软化难得痊愈，且会更加恶化。
刺激疗法：当溃疡已经完全痊愈，开始结瘢，应设法使瘢痕形成得愈薄愈好。
对于小而致密并且位于中央的角膜白斑，为了增进视力可作增视虹膜切除术。对于较大的白斑，可施行角膜移植术。